Sejak FKG berdiri menjadi Fakultas sampai sekarang telah memiliki 5 program studi Yaitu Ps Pendidikan dokter gigi, PS Pendidikan Profesi dokter gigi, PS Pendidikan dokter Spesialis Prosthodonsi, PS Pendidikan dokter Spesialis Konservasi, PS Pendidikan  dokter spesialis Periodonsi.

Menurut UU No. 23 Tentang Pendidikan Kedokteran bahwa ada 2 jalur pendidikan yang ada di Pendidikan Kedokteran yaitu Pendidikan akademik dan pendidikan profesi. Pendidikan akademika yang dimaksud  adalah pendidikan sarjana kedokteran gigi, pendidikan magister dan pendidikan doktor, sedangkan pendidikan profesi adalah pendidikan profesi dokter gigi dan pendidikan dokter gigi spesialis.